يتم تنظيم البيئة الصفية من خلال برنامج التربية الخاصة المنظمة (TEACCH) Treatment and Education of Autistic and Related Communication Handicapped Children وهو برنامج أكاديمي مبني على الدليل العلمي ويعتمد على فكرة أن الأفراد ذوي التوحد وذوي الاعاقات النمائية يتعلمون بنمط بصري أكثر من أي نمط اخر (متعلمون بصريون) (Visual Learners) وقد تم الاستفادة من هذه الطريقة في تنظيم باقي صفوف المركز، تعتمد هذه الطريقة على خمسة مبادئ أساسية: الهيكل المادي، والجدولة، ونظام العمل، والهيكل الروتيني، والبصري

يتبنى مركز الشفلح للأشخاص ذوي الإعاقة مبدأ ان اللغة سلوك يمكن تعلمه. وأن اللغة المنطوقة في حال عدم وجودها يمكن أن يحل محلها أنماط أخرى من الطرق البديلة كالصور، أو الإشارات الوصفية، أو الأجهزة الناطقة، يوفر التواصل المعزز والبديل (AAC) طرقا متعددة للتواصل يمكن أن تكمل أو تعوض إما بشكل مؤقت أو دائم أنماط الضعف والقصور لدى الأفراد الذين يعانون من اضطرابات التواصل الشديدة

يعتمد مركز الشفلح للأشخاص ذوي الإعاقة على برنامج تقييم معالم السلوك اللفظي – وتحديد البيئة التعليمة المناسبة VB-MAPP والذي يهتم بتقييم اللغة والمهارات المرتبطة بها من خلال تتبع مراحل التطور النمائية وتحديد المعوقات التي قد تحد من عملية التعلم، ومن ثم يقود إلى بناء البرنامج التربوي المناسب في البيئة التعليمية المثلى للمنتسب، ويتضمن ثلاث مستويات تتدرج من سن الميلاد حتى 48 شهر
وكذلك يستخدم المركز برنامج هيلب وبوب:
هو برنامج للتدخل المبكر يقوم على تقدير جوانب القصور في القدرات لدى الأطفال الذين يعانون من قصور في جميع المجالات الخاصة مقارنة بغيرهم من الطبيعيين في نفس السن ويتضمن مجموعة من القدرات المختلفة منها اللغوي و المعرفي و الإدراكي وهو يغطي الأطفال من الميلاد و حتى 6 سنوات و يتضمن مستوى متقدم يغطي أولئك الأطفال التي تؤهلهم قدراتهم للدمج في بيئات تعليمية أقل تقييداً، منهج بوب للاضطرابات النمائية: وهو برنامج متكامل لتأهيل ذوي الإعاقات الذهنية بكل فئاتها بالإضافة للذين يعانون من صعوبات و بطء في التعلم و يتم في هذا المنهاج تحديد المهارات التي سيتم تدريب المنتسب عليها من قبل المعلم تبعاً لدرجة الذكاء

يعتمد مركز الشفلح للأشخاص ذوي الإعاقة على تحليل السلوك التطبيقي، كمنهجية مثبتة علمياً ومبنية على الأدلة والبراهين، التي توكد فاعليته في التدخل وتحقيق نتائج إيجابية مع الأشخاص ذوي الإعاقات النمائية المختلفة (الاعاقات الذهنية، واضطراب طيف التوحد) ويمكن وصف هذه الاستراتيجية بأنها طريقة علمية لفهم السلوك والتحكم فيه وتغييره من خلال تغيير البيئة، ويشير مفهوم السلوك هنا إلى كل ما يقوم به الشخص من أجل التعلم والعيش والتكيف

بناء على نتائج تقييم المنتسب وتحديد مستوى الأداء الحالي (نقاط القوة والضعف)، يتم تصميم برنامج تربوي فردي شامل لكل منتسب يتضمن، كافة الخدمات التي سيتلقاها المنتسب خلال المدة المحددة للخطة بما يتناسب مع احتياجاته. وقد تتضمن هذه الخطة جوانب متنوعة مثل جانب التواصل اللغوي وجانب المهارات الاجتماعية وجانب المهارات المعرفية وجانب المهارات الحياتية والتكيفية والجانب الأكاديمي والجانب المهني أو غير ذلك من الجوانب.

التكنولوجيا المساعدة (AT) هي مصطلح شامل يغطي الأنظمة والخدمات المتعلقة بتقديم المنتجات والخدمات المساعدة، تضمن هذه (المنتجات المساعدة) أن يؤدي الفرد متطلبات حياته اليومية باستقلالية وتحسن من نمط حياته، وبالتالي تعزز رفاهيته، وتمكن التكنولوجيا المساعدة الناس من العيش حياة صحية ومنتجة ومستقلة وكريمة بشكل يتضمن المشاركة في التعليم وسوق العمل والحياة المدنية.
التكنولوجيا المساعدة (AT) هي أي عنصر، أو أداة، أو برنامج، أو نظام يُستخدم لزيادة القدرات الوظيفية للأشخاص ذوي الإعاقة أو المحافظة على مستواها أو تحسينها.

يستخدم مركز الشفلح للأشخاص ذوي الإعاقة عدة استراتيجيات
أهمها:
• التعزيز الإيجابي: ينطوي على توفير (لواحق) تعزز السلوك. تعزيز السلوك يعني زيادة احتمال حدوثه مرة أخرى في المستقبل
• التشكيل: هو وسيلة لتعزيز التقدم نحو إتقان السلوك. يستخدم التشكيل لتعليم المنتسب تدريجيا كيفية القيام بشيء أفضل
• المساعدة المنظمة هي إشارات أو تلميحات إضافية تساعد المتعلم على معرفة ما يجب القيام به في موقف أو وقت معين
• النمذجة النموذج هو مثير (شخص – فيديو) يقلده المتعلم
• التدريب بالمحاولات المنفصلة على نظرية تحليل السلوك التطبيقي (ABA) وغالبا ما يستخدم كجزء من نهج واسع قائم على ABA. إنه ينطوي على تقسيم المهارات إلى أجزائها الأساسية وتعليم هذه المهارات للأطفال خطوة بخطوة. يحصل الأطفال على مكافآت لجميع إنجازاتهم، مما يشجعهم على التعلم
• السلوك اللفظي: إنها طريقة لتعليم التواصل للأشخاص الذين لم يكتسبوا اللغة بعد باستخدام التكييف الفعال. وهو يتألف من أربعة "حالات طارئة": العملية التحفيزية، والتحفيز التمييزي، والاستجابة، والتعزيز. تضمن هذه العوامل الأربعة تحفيز الطلاب لاكتساب اللغة لتلبية احتياجاتهم
• نظام التواصل بتبادل الصور (PECS) هو نظام قائم على الصور تم تطويره للمتعلمين الذين يعانون من عجز في التواصل اللغوي والاجتماعي
• تحليل المهارة: هو تقسيم مهارة معقدة إلى وحدات أصغر قابلة للتدريب، عند إنشاء تحليل للمهمة، يقوم المعلم بإنشاء خريطة طريق لكيفية تعليم مهارة، خطوة بخطوة. بشكل يصل فيه المتعلم إلى التعزيز بشكل أفضل عندما يتم تدريس المهام بهذه الطريقة.
• التدريب الفردي (معلم مع منتسب)
• التدريب الجماعي (معلم مع مجموعة من المنتسبين)

يستخدم قسم الخدمات النفسية والسلوكية ومجموعة من البرامج واهمها برنامج تحليل السلوك التطبيقي (ABA)، الذي يهدف على فهم سلوك الانسان وتحسينه، ويركز على تحديد السلوكيات التي تلعب دوراً في المواقف الاجتماعية وإجراء التدخلات التي تهدف الى حد من السلوكيات غير مرغوبة، وتعزيز السلوكيات المرغوبة وتنميتها.

يعمل القسم على تقديم مجموعة من الخدمات تتمثل بتحليل وتعزيز السلوك، وذلك لتدعيم العملية التعليمية، وتنمية مهارات التكيف النفسي والاجتماعي، والمشاركة في نشر الوعي المجتمعي في التعامل مع اشخاص ذوي الإعاقة، العمل مع اخصائيين التربية الخاصة على تطبيق تقييم السلوك اللفظي ومهارات الوظيفية للسلوك، وأساليب تحليل السلوك.